Zaštićene prirodne vrijednosti su prirodne vrijednosti proglašene zaštićenima i upisane u Upisnik zaštićenih prirodnih vrijednosti, a odnose se na zaštićena područja, na zaštićene biljne, gljivlje i životinjske svojte te na zaštićene minerale i fosile.

Zaštićena područja su razvrstana u devet prostornih kategorija:

  1. Strogi rezervat je područje kopna i/ili mora s neizmijenjenom ili neznatno izmijenjenom sveukupnom prirodom.
  2. Nacionalni park je prostrano, pretežno neizmijenjeno područje kopna i/ili mora iznimnih i višestrukih prirodnih vrijednosti.
  3. Posebni rezervat je područje kopna i/ili mora od osobitog značaja radi svoje jedinstvenosti, rijetkosti ili reprezentativnosti.
  4. Park prirode je prostrano prirodno ili dijelom kultivirano područje kopna i/ili mora s ekološkim obilježjima međunarodne i nacionalne važnosti.
  5. Regionalni park je prostrano prirodno ili djelom kultivirano područje kopna i/ili mora s ekološkim obilježjima međunarodne, nacionalne ili područne važnosti.
  6. Spomenik prirode je pojedinačni dio ili skupina žive ili nežive prirode.
  7. Značajni krajobraz je prirodni ili kultivirani predjel velike krajobrazne vrijednosti i biološke raznolikosti ili kulturno-povijesne vrijednosti.
  8. Park šuma je prirodna ili sađena šuma veće krajobrazne vrijednosti, namijenjena odmoru i rekreaciji.
  9. Spomenik parkovne arhitekture je umjetno oblikovani prostor (perivoj, botanički vrt, arboretum, gradski park, drvored).

Zaštićena područja zauzimaju oko 9% ukupne površine Istarske županije, a Natura Histrica štiti 6% ukupne površine.
Na području Istarske županije, osim JU Natura Histrica, u upravljaju različitim zaštićenim područjima i drugim zaštićenim prirodnim vrijednostima djeluju još tri javne ustanove:

Popis zaštićenih područja kojim upravlja JU Natura Histrica:

Br. Kategorija zaštite Naziv Grad/Općina
1. Posebni rezervat šumske vegetacije Kontija Sv. Lovreč
2. Posebni rezervat šumske vegetacije Motovunska šuma Motovun, Oprtalj
3. Posebni paleontološki rezervat Datule-Barbariga Bale
4. Posebni rezervat u moru Limski zaljev Rovinj, Kanfanar, Sv. Lovreč, Vrsar
5. Posebni ornitološki rezervat Palud - Palù Rovinj
6. Geološki spomenik prirode Kamenolom Fantazija - Cave di Monfiorenzo Rovinj
7. Geomorfološki spomenik prirode Vela Draga Lupoglav
8. Geomorfološki spomenik prirode Jama Baredine Poreč
9. Geomorfološki spomenik prirode Markova jama Poreč
10. Zoološki spomenik prirode Pinzinova jama Poreč
11. Botanički spomenik prirode Čempres u Kašćergi Pazin
12. Botanički spomenik prirode Dva stabla glicinije u Labinu Labin
13. Botanički spomenik prirode Četiri stabla pinije u Karojbi Karojba
14. Botanički spomenik prirode Skupina stabala oko crkvice Sv. Ane kraj Červara Poreč
15. Značajni krajobraz Gračišće-Pićan Gračišće, Pićan
16. Značajni krajobraz Labin-Rabac-Prklog Labin
17. Značajni krajobraz Okolina Istarskih toplica Oprtalj
18. Značajni krajobraz Rovinjski otoci i priobalno područje Rovinj
19. Značajni krajobraz Pazinski ponor Pazin
20. Značajni krajobraz Limski zaljev Rovinj, Kanfanar, Sv. Lovreč, Vrsar  
21. Značajni krajobraz Učka sjever Lupoglav
22. Značajni krajobraz Učka jug Kršan
23. Park šuma Škaraba Rovinj
24. Park šuma Šijana Pula
25. Park šuma Zlatni rt - Punta Corrente Rovinj
26. Park šuma Busoler Pula
27. Spomenik parkovne arhitekture Park u Nedešćini Sv. Nedelja
28. Spomenik parkovne arhitekture Drvored Čempresa na groblju u Rovinju Rovinj


Ugrožene ili rijetke divlje svojte proglašava zaštićenim ili strogo zaštićenim svojtama Ministarstvo kulture pravilnikom na prijedlog Državnog zavoda za zaštitu prirode temeljem procjene ugroženosti pojedinih svojti i obveza koje proizlaze iz međunarodnih ugovora kojih je RH stranka i koji su na snazi. Zavičajne udomaćene svojte koje su ugrožene utvrđuje i proglašava zaštićenim zavičajnim udomaćenim svojtama ministar na prijedlog Državnog zavoda za zaštitu prirode.

Ugrožene svojte biljaka, životinja i gljiva procjenjuju se prema stadardiziranim kriterijima koje je propisala svjetska udruga za zaštitu prirode ( International Union for Conservation of Nature , IUCN). Temeljem takve procjene izrađuju se tzv. crveni popisi i crvene knjige. Oni predstavljaju jednu od temeljnih stručnih podloga u zaštiti prirode te nam pokazuju što i koliko pojedinu svojtu ugrožava, kojim se mjerama i kako mogu smanjiti ili ukloniti rizici izumiranja pojedine svojte. Glavna je svrha crvenih popisa usmjeriti pozornost državnih institucija, nevladinih udruga i šire javnosti na poduzimanje konkretnih mjera zaštite ovih vrsta s utvrđenim prioritetima i žurnosti akcija, kako bi ubuduće što manji broj vrsta bio uvršten u crveni popis.

IUCN kategorije ugroženosti


Broj biljnih i životinjskih svojti obrađenih u Crvenom popisu prema skupinama i IUCN kategorijama

Zaštićene svojte - divlje svojte koje su ugrožene ili rijetke, zaštićuju se kao strogo zaštićene svojte ili zaštićene svojte.

Strogo zaštićenom svojtom može se utvrditi:

Zaštićenom svojtom može se utvrditi:

Minerale, sigovine i fosile utvrđuje i proglašava zaštićenim prirodnim vrijednostima ministar na prijedlog Državnog zavoda za zaštitu prirode.
Minerali su samorodni homogeni kemijski elementi ili spojevi u vidu kristalizirane ili amorfne tvari, određene strukture, oblika i sastava.
Sigovine su nakupine minerala u podzemnim prostorima različitih oblika (stalaktiti, stalagmiti, stalagnati, helektiti i dr.).
Fosili predstavljaju sačuvane cjeline, dijelove ili tragove izumrlih organizama i njihovih životnih aktivnosti.
Zaštićenim mineralom, sigovinom ili fosilom može se utvrditi onaj fenomen koji zbog svoje rijetkosti, izuzetne veličine ili izgleda, ili izvanrednoga znanstvenog značenja predstavlja prirodnu vrijednost u smislu Zakona o zaštiti prirode.

Minerali, sigovine i fosili vlasništvo su Republike Hrvatske. Zabranjeno ih je uništavati i oštećivati njihova nalazišta.
Ukoliko Ministarstvo kulture predloži zaštitu, a odgovarajuće predstavničko tijelo ne donese akt o zaštiti u roku od tri mjeseca od primitka prijedloga, tu će prirodnu vrijednost Vlada RH proglasiti zaštićenom.